توت‌انخ‌آمون در 19 سالگی ،
در حوالی ماه ژانویه بی آن که جانشینی از خود برجایبگذارد می‌میرد. مرگ او برای مصریان غیر منتظره است و مقبره وی هنوز تکمیل نشده است. بنابراین تابوت وی را در مقبره‌ای دیگر قرار می‌دهند که نسبتاً ساده است. احتمال می‌رود که این آرامگاه برای ((آی)) ساخته شده بوده باشد، که با وجود سن بالایش پس از توت‌انخ‌آمون بر تخت می‌نشیند.
علت مرگ توت‌انخ‌آمون امروزه معمایی است
که هنوز حل نشده است. متخصصینی که پس از کشف آرامگاه توسط هاوارد کارتر و لرد کارناروون مومیایی را مطالعه کردند
متوجه هیچ‌گونه آسیب‌دیدگی بر روی بدن نشدند و این نظریه هرگونه مرگ اتفاقی یا خشونت‌آمیزی را دور می‌کند. ولی برخی جراحت کوچکی را در نزدیکی گوش چپ کشف کردند که می‌تواند نشان دهنده این باشد که فرعون جوان دچار خونریزی مغزی شده است. البته بعضی از کارشناسان می گویند حدس می زنند که توت انخ آمون پادشاه جوان مصر درحالی که به علت یک بیماری نادر استخوان فلج و شدیدا ضعیف شده بود، نهایتا در اثر ابتلا به مالاریا از پا در آمد. این یافته می تواند تئوری های توطئه دایر بر قتل او را برای همیشه باطل کند.
دانشمندان دو سال گذشته را صرف معاینه بقایای این فرعون 19 ساله برای استخراج خون و دی ان اِی او کردند.
به گزارش نشریه انجمن پزشکی آمریکا این تحقیقات به کشف انگل مالاریا در خون او انجامید. اما از آنجا که او در سن پایین مرد و هیچ وارثی نداشت، محققان حدس زده اند که ممکن است در اثر ابتلا به یک بیماری خانوادگی جان سپرده باشد.
تخت پادشاهی توت‌انخ‌آمون
توت‌انخ‌آمون در مقایسه با دیگر فرعون‌های بزرگ تاریخ مصر ثروت عظیمی ندارد، ولی آنچه گنج او را از سایرین
تمایز داده است مقبره دست نخورده‌اش است که در تمامی این سال‌ها از هر دزدی به دور مانده است. و این در حالی است که آرامگاه‌های فراعنه بزرگ هزاران بار در طول تاریخ مورد دست‌برد دزدان قرار گرفته است. البته به نظر می‌رسد که مقبره این فرعون جوان دو بار بلافاصله پس از مرگش دچار دزدی مختصر شده است. اما این دزدان در مقبره بی‌نظمی از خود برجای نگذاشته اند و ظاهراً به دنبال وسایل کوچک فلزی و سبک بوده‌اند. آنچه آرامگاه توت‌انخ‌آمون را از دست‌برد نجات داد ورودی کوچک و پنهان شده در زیر سنگ‌ها بود که در طول همه این سالیان جلب توجه نکرد. به‌علاوه، توت‌انخ‌آمون دوره حکومت کوتاه و بی‌غوغایی داشت و گنجینه او عظیم نبود؛ به همین دلیل پس مدت
کوتاهی به فراموشی سپرده شد. چهارمین تابوت توت‌انخ‌آمون به تنهایی از 1100 کیلوگرم طلای خالص ساخته شده بود. در یکی از اتاق‌های مقبره او حدود 650 وسیله (جام، کوزه، مجسمه، تخت، گنجه، ...) پیدا شد که
تعدادی از آن‌ها با طلا و سنگ‌های گران قیمت تزیین شده بودند. در این اتاق همچنین یادگار‌های وی از دوران کودکی قرار داشتند: اسباب‌بازی‌های ارزشمند، پر، میز و صندلی‌های کوچک، ... در همان اتاق تخت‌هایی روان با سر‌های گاو، شیر، اسب‌آبی و تمساح، تخت پادشاهی فرعون، لباس‌هایی از پوست پلنگ، گنجه‌هایی از عاج و جواهرات پیدا شد. از ارزشمند‌ترین اشیأ در این اتاق می‌توان به مجسمه‌هایی از طلای خالص و درشکه‌ی شکار فرعون اشاره کرد. در جمع بیش از 3500 شی از آرامگاه توت‌انخ‌آمون جمع‌آوری شد.
